北交所的基本规则主要包含投资者适当性门槛、交易机制、申报撮合规则，同时配套对应的上市、信息披露以及退市监管制度，整体制度框架服务于创新型中小企业，交易波动相比主板市场更高，参与投资者需要充分认清市场风险。
在投资者准入方面，个人投资者想要开通北交所交易权限，需要同时满足两大条件，开通权限前20个交易日证券账户和资金账户日均资产不低于50万元，并且拥有24个月及以上的证券交易经验，机构投资者则按照相关法规直接参与市场交易，不需要满足个人投资者的资产门槛。投资者无需单独新开证券账户，只需要在原有证券账户之上，签署风险揭示书，完成权限开通之后就可以参与交易。由于准入门槛的设置，北交所市场整体以合格投资者为主，普通散户达不到条件是无法直接参与股票买卖，这也是和主板市场非常明显的区别。
交易层面规则是北交所最受市场关注的部分，股票日常交易涨跌幅限制设置为30%，波动幅度高于主板、创业板，新股上市首日以及退市整理期首日是没有涨跌幅限制的，新股上市首日盘中价格相对开盘价涨跌达到30%、60%，还会触发临时停牌，每次停牌时长10分钟。交易时间和A股大体保持一致，9点15‑9点25为开盘集合竞价，9点30‑11点30、13点‑14点57属于连续竞价阶段，14点57‑15点收盘集合竞价。申报规则上，单笔最低申报100股，之后可以1股为单位递增，卖出时剩余不足100股的部分必须一次性卖出，单笔申报上限100万股，连续竞价阶段还设置价格笼子机制，超出有效价格范围的申报会直接判定为无效单，无法进入撮合系统。除了普通竞价交易，市场还支持大宗交易、协议转让等方式，满足大额股份的转让需求。
上市与持续监管规则，划定了企业进入北交所的硬性标准，企业需要在全国股转系统创新层连续挂牌满12个月，同时满足净资产、股本、股东人数以及市值财务指标的相关要求才能够申报上市。上市之后，上市公司需要严格履行信息披露义务，按时发布定期报告，对于经营变化、重大合同、风险事项等内容要及时对外公示，充分披露企业创新属性和经营风险，帮助投资者做决策。退市制度同样分为主动退市和强制退市两大类，强制退市细分为交易类、财务类、规范类、重大违法类四个方向，设置了成交量、营收利润、内控审计、财务造假等多项指标，一旦触发对应标准，公司股票将会被实施风险警示，直至终止上市，实现市场的优胜劣汰。
