交易规则上，北交所采取了更宽松的制度，例如股票涨跌幅限制为30%，新股上市首日不设涨跌幅，并支持零股交易以增加灵活性，而沪深交易所的规则相对严格，主板股票涨跌幅为10%，创业板和科创板为20%，且对新股有特定的停牌机制，这些规则设计反映了北交所对中小企业波动性的包容。
在上市条件和投资者门槛方面，北交所的上市标准较低，如最低市值要求约2亿元，净利润门槛也较宽松，以吸引更多中小企业上市，而沪深交易所的主板和科创板则设置更高的财务指标，北交所对个人投资者的资产和投资经验要求较高，如日均资产需达到一定水平且有两年以上经验，而沪深交易所的投资者结构更多元化，散户比例较高，这降低了参与门槛。
市场规模和影响力上，北交所作为新兴交易所，成立时间较晚但增长迅速，专注于中小企业生态，市场活力虽强但整体体量较小，而沪深交易所作为国内两大支柱，市值和交易量巨大，国际化程度高，具有更广泛的市场影响力和成熟的监管体系，这种差异源于它们的地理位置和管理结构，北交所位于北京并与新三板一体化管理，沪深交易所则分布在上海和深圳，形成了区域互补。
